Une petite révolution dans le domaine de l’industrie pharmaceutique : Mi-novembre, le premier traitement au monde issu du microbiome a été approuvé. L’autorité sanitaire australienne a en effet donné son feu vert à une greffe fécale, mise au point par la biotech australienne Biomebank, pour traiter une infection bactérienne grave de l’intestin (dite à Clostridioides difficile).
Fin novembre, un médicament racheté il y a quatre ans par le labo suisse Ferring, obtenait son homologation FDA pour traiter la même maladie. En avril de cette année, celui de la biotech américaine Seres Therapeutics devrait être le suivant. Il sera commercialisé par le numéro un mondial de l’agroalimentaire Nestlé, son actionnaire depuis six ans, qui devrait débourser 525 millions de dollars pour en obtenir les droits !
Qu’est-ce que le microbiome et qu’est-ce que le microbiote ?
Le terme microbiote désigne les micro-organismes de l’écosystème humain (bactéries, protozoaires, champignons).
Ces micro-organismes sont présents au nombre de 100 000 milliards environ dans le corps humain, et peuplent toutes les surfaces. Le tube digestif en compte le plus grand nombre, et notamment le gros intestin. Ils représentent un poids d’environ un kilogramme dans cet organe, soit 35 à 50% du contenu intestinal : c’est le microbiote intestinal humain, auparavant appelé flore intestinale. Notre peau est également couverte d’une diversité de micro-organismes, on parle alors de microbiote cutané.
Le terme de microbiome est souvent utilisé comme synonyme de microbiote. Toutefois, pour les plus puristes, le microbiome désigne la totalité des gènes de ces micro-organismes. Ce terme a été introduit en 2001 par Joshua Lederberg, généticien et microbiologiste américain, et lauréat du prix Nobel de médecine en 1958. Le corps humain serait ainsi considéré comme un organisme à double génome, humain et microbien.
L’équilibre du microbiote est devenu un enjeu majeur pour développer de nouveaux traitements, basés sur l’alimentation et la transplantation de microbiote. Des régimes personnalisés au microbiote de chaque individu pourront être développés à titre préventif et curatif, couplés à la prise de probiotiques et prébiotiques. La transplantation fécale à visée thérapeutique est devenue aujourd’hui une option efficace validée contre des infections intestinales telles que celles à Clostridium difficile.
Alors que la transplantation fécale a été reconnue comme un médicament en France, plusieurs essais cliniques sont en cours pour tester l’efficacité de cette option thérapeutique dans des pathologies telles que la maladie de Crohn, le syndrome de l’intestin irritable (autrefois appelé « syndrome du côlon irritable ») ou les maladies du foie. Au-delà de la sphère gastro-intestinale, le rééquilibrage du microbiote est également envisagé comme traitement complémentaire de cancers, de maladies du système nerveux central, etc.
Quels sont les enjeux liés au microbiome en santé ?
Le microbiome est depuis quelques années un sujet de travail important pour de nombreux secteurs d’activité et industries, dont la santé. Le microbiote intestinal humain en particulier constitue une importante découverte scientifique de ces dernières années et son essor a été rendu possible grâce au développement des techniques de séquençage à haut débit et des technologies omiques permettant l’analyse du génome des micro-organismes, couplée à des capacités informatiques bien plus importantes qu’auparavant. L’intérêt pour le microbiote intestinal se reflète dans le nombre de publications scientifiques sur le sujet qui ont plus que doublé ces dix dernières années.
On a ainsi découvert le rôle essentiel du microbiome dans le fonctionnement de l’organisme. Les bactéries du microbiote intestinal ne transforment pas seulement les aliments en nutriments énergétiques, mais elles contrôleraient également le métabolisme osseux, la réparation épithéliale, la maturation des vaisseaux, la synthèse de vitamines, d’enzymes et de neurotransmetteurs. Elles joueraient un rôle de barrière contre les micro-organismes pathogènes et de destruction de substances toxiques. Enfin, le microbiote intestinal participe également au développement et à la maturation du système immunitaire et du système nerveux central et pourrait avoir un rôle dans la modulation du comportement.
Ces découvertes ouvrent la voie à de nouveaux marchés pour le microbiome et notamment à des solutions thérapeutiques innovantes.
Microbiote et médecine personnalisée :
Le métabolisme de la digitaline, des statines, ainsi que la réponse à certains traitements contre le cancer pourraient être modifiés par la composition du microbiote du patient : ce dernier jouerait donc un rôle dans la réponse à un traitement médicamenteux, et donc dans l’efficacité de ce dernier.
Dans l’avenir, les interventions thérapeutiques pourraient être décidées en fonction de la composition du microbiote de chaque individu. La bio-analyse du microbiome pourrait permettre une stratification des patients, la surveillance de l’évolution de certaines maladies et l’état de santé des patients. Il serait ainsi possible de stratifier les répondeurs aux traitements et les non-répondeurs. Les études en cours pourraient permettre d’envisager le développement de biomarqueurs issus du métabolisme des bactéries et la quantification de ces dernières.
Le marché du microbiome humain devrait atteindre 1,6 milliard de dollars d’ici 2028 et un taux de croissance annuel de 21% entre 2025 et 2028!